Se realiza una inmersión donde se valora visualmente la zona donde se quiere realizar el SILMAR. El objetivo es aumentar el conocimiento de fondo marino, de manera que observando la distribución de las diferentes comunidades se podrá definir la dirección del transecto. La segunda parte es la definición exacta de este. Se determinará el punto inicial, el punto final y diferentes puntos intermedios.

Se describe físicamente y biológicamente el transecto. La descripción física consiste en anotar la profundidad y rumbo del transecto, y la descripción biológica consiste en anotar la rugosidad y comunidades.

Se realiza un seguimiento de usos de la zona y una descripción de las especies indicadores que se encuentran, las cuales nos darán información del estado de conservación del medio marino.